1245. június 28. -július 17.

Katolikus

IV. Ince pápa (ur. 1243-54) hívta össze, hogy II. Frigyes császárt (ur. 1220-59) elítéljék. A zsinatra 140-150 püspök érkezett, főként Franciaországból és Spanyolországból. Frigyes császár a részvételt megtiltotta és az utakat is lezárta. A megnyitón a lyoni katedrálisban Ince személyesen adta elő pontokba foglalva a megtárgyalandó kérdéseket:
1. a papság bűnei;
2. Jeruzsálem elvesztése (1244: a mohamedánoké lett);
3. a konstantinápolyi latin császárság szorongatott helyzete;
4. a mongol fenyegetés;
5. Frigyes császár egyházüldöző intézkedései.
Vádat emelt a császár ellen eretnekség, hitetlenekkel való paktálás, szerződés- és esküszegés miatt. A császár védője Suessei Thaddeus udvari bíró volt. Urát ügyesen védte, de IV. Ince, maga is jogász, minden állítását megcáfolta. Külön vétkéül rótta föl Frigyesnek, hogy 100 főpapot, akik 1241 a római zsinatra igyekeztek, útközben elfogott.
A 2. ülésen tovább vádolták a császárt a püspök elleni erőszakkal, s a védőnek csak az ítélet elhalasztását sikerült elérnie. Miközben a császár személyes válaszára vártak, 22 kánont fogalmaztak meg. A pápa magára vállalta a mongolok elleni hadjárat költségeit. A konstantinápolyi latin császárság támogatására a javadalmasoktól évi jövedelmük 1/3-át, a papságtól pedig a Szentföld visszaszerzésére jövedelmük 1/20 részét kérte. A zsinat mindezt megerősítette, és elítélte Frigyest esküszegés, békétlenség és eretnekség gyanúja miatt, mint római császárt és német királyt megfosztották trónjától. A zsinat 22 kánonját Ince megküldte az egyetemeknek.